극장판 루팡 3세 VS 명탐정 코난

“콘서트를 중지하라. 그렇지 않으면 에밀리오의 목숨은 없다!” 은행 금고에 보관되어 있는 희귀 보석 ‘체리 사파이어’를 훔치겠다는 예고장이 경찰에 도착한다. 예고장의 장본인 루팡 3세는 추격을 따돌리고 결국 체리사파이어를 손에 넣는데 성공한다. 한편, 세계적 팝스타에게 날아든 의문의 협박편지. 범인을 찾던 코난 일행은 우연히’베스파니아 왕국 사건’ 때 만났던 루팡 3세의 파트너 알마로스가 에밀리오의 보디가드인 것을 보고, 그들이 무언가를 꾸미고 있다는 걸 직감한다. 공연 당일. 코난과 홍장미는 정체를 알 수 없는 자들에게서 체리 사파이어를 둘러싼 무서운 거래가 이루어 진다는 정보를 입수하고, 마침내, 루팡 3세 일당과 조대포 경감, 그리고 경찰들까지 움직이기 시작하는데… 과연, 루팡 3세 일당의 진짜 목적은 무엇이며, 코난은 그 계획을 저지할 수 있을 것인가?